主角兄弟凑活海和凑勇海、高中生妹妹，以及开精品店的父亲，他们四人共同生活在一起。某日，兄弟两人获得了罗布回旋闪光和罗布水晶，哥哥变身为充满火元素之力的“罗索奥特曼”，弟弟变身为充满水元素之力的“布鲁奥特曼”。这是一部描写兄弟之间争吵磨合、共同成长、挑战强敌的特摄作品，同时也是一部围绕兄弟展开的家庭主题连续剧。

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相。主人公 “工藤优幸”就职于一个名叫 “伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

光之战士奥特曼解除外星人与怪兽的侵略危机后离开了地球，人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，危机又悄然接近，而继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎，新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。

两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人命令所有人按照预案去指定地点集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽从天而降，巨大的冲击力给城市带来了很大的破坏。地面防卫部队与怪兽展开了激烈交战。怪兽的肆意破坏摧毁了很多大楼，怪兽出现的地方化为了一片火海。弦人为了拯救还没有逃出的群众，独自冲入火海救人。弦人在救人过程中出现意外，关键时刻他体内涌现出一道神秘的光。新的奥特曼就此诞生了，新的奥特曼不光救下了弦人队长，还打败了怪兽。地球防卫队日本支部的参谋长宣布成立全新的小队，全称叫特殊怪兽对应分遣队。招揽优秀的战斗人员组成一支精英小队专门处理怪兽。

特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死亡。就在此时，新的光出现了！在光的笼罩下，奏大变身成为了德凯奥特曼。获得了变身能力的奏大与新生精英胜利队的队员一起，与斯菲亚展开了新的斗争！

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多真相，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球的公民权。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救出所有人质，他团结起大家的力量，众人齐心协力打败了金古桥。金古桥内部的人质也都全部成功获救。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点贯穿前半段，因此前半段贴近于连续剧。

地球因百特星人的突然出现而陷入了濒临灭绝的危机中，人类全都莫名其妙地突然失踪了。地球成为了百特星人的怪兽兵器实验场。但是，仍有极少数的人幸存下来了，那就是对未来充满希望的孩子们。为了孩子们的未来，为了把握明天，7位女性组成了U小队与百特星人对抗。首先来到她们守护的地球的是戴拿奥特曼（飞鸟信），然后是高斯奥特曼（春野武藏）和赛罗奥特曼。大贺希与百特星人捕获的宇宙生命体一起误入这个地球，赛罗奥特曼对他充满勇气的行动产生了共鸣，与他一心同体，但是大贺并不能坦率地接受得到奥特战士力量的事实。百特星人真正的目的是要让最强的怪兽——超级芝顿在这个地球上诞生。最大的危机正在逼近地球！对抗它的是赛罗奥特曼、高斯高特曼、戴拿奥特曼，还有U小队！地球的存亡之战，现在开始！

传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。

欧布是奥特曼史上初次靠着历代奥特曼力量合体变身的奥特英雄。该系列主监督继续由去年负责艾克斯奥特曼的田口清隆担当，以王道和原点回归为主题。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

有关本剧的情报并不多，不过有消息源指出，该剧类似《银河奥特曼》，即主角艾克斯奥特曼可以 使用其他奥特曼战士/怪兽的力量，不过区别点在于，主角艾克斯奥特曼可以借助特殊的卡牌使用其他奥特曼战士/怪兽的力量（类似银河奥特曼的火花软胶人偶超变身设定），比如艾克斯奥特曼能数码哥莫拉卡牌“合体，并且从海报的左上方我们能看到同数码哥莫拉卡牌“合体”的X奥特曼,看起来有机甲的视觉。

优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。